NEB ve Yale’in yeni HC‑GGA yöntemi, bakteriyofajları dijital DNA’dan inşa etmeyi mümkün kılıyor. Bu sentetik yaklaşım, Pseudomonas aeruginosa gibi antibiyotik dirençli bakterilere karşı daha hızlı ve hedefe yönelik çözümler geliştirilmesine imkân verebilir.
Yeni bir PNAS çalışmasında New England Biolabs (NEB) ve Yale Üniversitesi araştırmacıları, Pseudomonas aeruginosa gibi antibiyotik direnci yüksek bakterileri hedefleyen ilk tam sentetik bakteriyofaj mühendislik sistemini tanımladı. Takım, NEB’nin High‑Complexity Golden Gate Assembly (HC‑GGA) platformunu kullanarak kapsamlı genetik değişiklikleri içerecek şekilde bir faj genomunu hücre dışında birleştirdi ve ardından elde edilen genomu güvenli bir laboratuvar konakçısına aktararak aktif faj elde etti.
bakteriyofaj
Golden Gate Assembly, çok sayıda kısa DNA parçacığını tek adımda doğru sırayla birleştirmeye imkân veren bir yöntemdir. HC‑GGA ile araştırmacılar 28 sentetik DNA fragmanından bir P. aeruginosa fajı inşa etti; bunun içinde nokta mutasyonlar, eklemeler ve silinmeler yer aldı. Araştırma ekibi ayrıca kuyruk lifleri gibi konakçıyı tanıyan genleri değiştirerek hangi bakterilerin enfekte edileceğini değiştirebildi ve enfeksiyonları gerçek zamanlı izlemeyi sağlayan floresan işaretleyiciler ekledi.
Bu hücre dışı montaj stratejisi, fiziksel faj örneklerine ve özel konak bakteri hatlarına bağımlılığı azaltıyor; böylece özellikle insan patojenlerini hedefleyen fajlarla çalışırken güvenlik, hız ve ölçeklenebilirlik iyileşiyor. NEB ve Yale arasındaki iş birliği sonucu, yöntem diğer zorlu faj genomlarına da genişletildi — örneğin yüksek GC içerikli Mycobacterium fajları üzerine Kasım 2025’te yayımlanan ilgili bir çalışma bunun örneği olarak gösterildi.
Yöntemin terapötik potansiyeli yüksek olsa da, bu tür sentetik faj yaklaşımlarının klinik kullanıma girmesi için kapsamlı güvenlik değerlendirmeleri ve düzenleyici onay süreçleri gerekiyor. Araştırma, faj mühendisliğini hızlandıracak yeni araçlar sunarken; daha fazla laboratuvar çalışması, hayvan modelleri ve nihayetinde insan denemeleri ile etkinlik ve güvenlik kanıtlarının toplanması şarttır.
